Windows ME عبارة عن ترقية إلى Windows 9x وستعمل غالبية برامج Windows 95 و Windows 98 مع Windows ME. نقول "الأغلبية" لأن البرامج مثل برنامج مكافحة الفيروسات أو أي أداة مساعدة أخرى مصممة لنظام التشغيل Windows 9x لن تعمل (أو تعمل بشكل جيد) في Windows ME. تغيرت بنية الملفات وملفات التكوين بشكل طفيف في Windows ME. ومع ذلك ، ستعمل الألعاب والبرامج والبرامج الأخرى في Windows ME. إذا لم يعمل البرنامج ، فيجب أن يكون لديه تحديث يسمح له بالعمل.